JR貨物に移ったEF641000は、高崎区時代から東北本線の運用を受け持つことも多かったが、愛知区に移ってもそれは変わらず、遂に2012年改正時には東北本線貨物列車のシンボルとも言える、3050レを牽く事になった。
EF64 1041が牽く3050レ
(氏家〜蒲須坂にて)

元々は新鶴見区のPF運用だったものを同区の負担軽減のために愛知区の641000が投入されたものだが、後に3058レや3066レ牽引の運用にも進出。夏場の日が長い時は上手くすれば641000牽引の貨物が3本撮れたりした。
けれどもその運用も、EH500またはEF65PFに置き換えられ、03.26.'16の改正時の黒磯駅での交直流切替作業廃止の影響で、全てEH500牽引となった。